Après avoir retrouvé son père, Elen Bauer revient à Los Angeles en compagnie du détective Kevin McBride afin de remettre au professeur Brown le précieux manuscrit, document selon lequel Jésus Christ, dit Yu Asaf, aurait vécu au Tibet de 17 à 30 ans. Pour les hommes en noir, le secret de l'humanité arrive trop tôt et ne peut être encore dévoilé. Ils chercheront, par tous les moyens, à étouffer l'affaire...