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La biodiversité des écosystèmes aquatiques continentaux représente des caractéristiques intéressantes en matière de variabilité génétique, d’endémisme, de nombre d’espèces, et de pisciculture. Cette dernière est considérée comme un moyen efficace pour assurer la sécurité alimentaire et le développement économique. La situation des hydrosystèmes continentaux est préoccupante, où ils sont soumis aux effets néfastes de différentes natures (anthropiques, naturelle). En Algérie, Le Sahara est clairsemé de nombreuses zones humides qui sont généralement des chotts, sebkhas et des lacs. L’objectif de ce travail est de statuer sur la situation écologique et l’état de la biodiversité dans trois hydrosystèmes de la vaste région du Sahara septentrional, à travers l’étude et suivi de la qualité de l’eau, la mise en évidence de la biologie, de la structure et de l’organisation des peuplements ichtyologiques et de leurs parasitologies avec une analyse de leurs dynamiques spatiotemporelles. Cette approche vise également à mettre en valeur les ressources hydriques et biologiques dans la perspective de déboucher sur des orientations, de gestion et de conservation de l’ichtyofaune et de son habitat.