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Les poissons sont reconnus depuis de nombreuses années comme des bio-indicateurs pertinents de la qualité des milieux aquatiques. L’étude de la structure des populations est couramment utilisée dans les suivis biologiques. Cependant, les perturbations subies par les milieux aquatiques impactent également l’état de santé des poissons, qui est rarement pris en compte. Pourtant, une méthode normée d’application existe (Codes pathologie) et son utilisation apporte des informations complémentaires à l’évaluation de la qualité des peuplements piscicoles. Partant de ce constat, la Fédération de Pêche et de Protection du Milieu Aquatique de la Gironde a mis en place le premier réseau français de suivi et de surveillance de l’état de santé des poissons sauvages sur les cours d’eau de son département. Ce document présente la méthode mise en œuvre et dresse les résultats de ce premier suivi. Les fiches Atlas sont éditées au format numérique et disponibles sur le site de la Fédération, www.peche33.com. Ce document est destiné principalement aux gestionnaires locaux, aux instances responsables du suivi de l’état des masses d’eau, aux associations environnementales et aux chercheurs.