Bebop y Rocksteady se topan con un cetro para viajar en el tiempo, ¡dando comienzo a la aventura más loca y destructiva hasta la fecha! Cuando un nuevo y misterioso mutante ataca a Baxter Stockman, las Tortugas Ninja tendrán que salvarlo a regañadientes, pero nadie sabe que un nuevo archienemigo les está tendiendo una trampa. Además, Donatello reinicia un nuevo y mejorado Metalhead solo para descubrir que el robot ya no funciona del todo como fue diseñado.