Perairan muara sungai merupakan habitat transisi antara ekosistem laut, daratan serta ekosistem air tawar sehingga menimbulkan percampuran. Beban masukan limbah organik yang terbawa aliran sungai hingga ke muara akan mengalami berbagai proses penguraian yang pada akhirnya akan memberikan suplai bahan anorganik atau nutrien ke perairan. Melalui analisis pendugaan kuantitatif beban limbah organik yang berasal dari kegiatan antropogenik dan penentuan status trofik serta hubungan ketersediaan nutrien dengan dinamika fitoplankton yang ada di muara Sungai Nenas Siam diharapkan dapat mendukung upaya pemanfaatan potensi sumberdaya alam dan pencegahan terhadap menurunnya kualitas perairan di muara Sungai Nenas Siam. Tujuan dari penelitian ini adalah menganalisis pengaruh kegiatan antropogenik, menentukan status trofik perairan muara Sungai Nenas Siam di Kabupaten Batu Bara berdasarkan kandungan nutrien dan kandungan klorofil-a fitoplankton dan menganalisis hubungan faktor-faktor yang mempengaruhi dinamika komunitas fitoplankton di perairan muara Sungai Nenas Siam Kabupaten Batu Bara. Hasil penelitian suhu yaitu 28,8-29,4 C, pH 7,2 – 7,6, Salinitas 1-5, Dissolved oxygen 6,2-9 mg/L dan NSF WQI didapatkan hasil kisaran nilai indeks antara 58 – 59. Dapat disimpulkan bahwa kegiatan antropogenik di sekitar muara Sungai Nenassiam masih dalam kondisi yang wajar dan belum membahayakan kualitas perairan. Kata Kunci: Fitoplankton, Nutrien, Sungai Nenas Siam, Status trofik.