En el presente trabajo, se realizó un estudio bacteriológico en tres unidades de producción de trucha arco iris en el Estado de Hidalgo. Se hicieron cuatro muestreos en dichas unidades en (junio, julio, agosto y octubre). Se tomaron muestras de peces y del agua de los estanques de cada una de las unidades. Se identificaron bacterias patógenas de los géneros Aeromonas, Pseudomonas y Vibrio, además de diferentes géneros de la familia Enterobacteriaceae en diferentes órganos (branquias, intestino, riñón y lesiones en aletas) y en el agua de los estanques de cultivo de la especie. Algunas de estas bacterias pertenecen a la microbiota normal de los peces, mientras que la presencia de las enterobacterias se relacionada con las inadecuadas prácticas de manejo que llevan a cabo en dichas unidades de producción. Las variaciones con relación al número de UFC/g y UFC/mL estuvieron determinadas por los diferentes meses de muestreo donde se observó que la mayor cantidad de bacterias está dada en los meses de verano mientras que disminuye gradualmente en los meses de otoño.