Transformasi keilmuan dalam konteks Kemuhammadiyahan mengambil landasan keislaman yang kuat, merujuk pada prinsipprinsip yang diajarkan oleh Nabi Muhammad SAW. Konsep ini tidak hanya menekankan pada pemahaman agama yang mendalam, tetapi juga pada aplikasinya dalam kehidupan seharihari, mencakup aspek pendidikan, sosial, budaya, dan bahkan politik. Kemuhammadiyahan dalam transformasi keilmuan ini berupaya mengintegrasikan nilai-nilai Islam dengan kemajuan zaman, memastikan bahwa umat Islam mampu menghadapi tantangan modern dengan tetap berpegang teguh pada ajaran Islam.