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En Colombia, los grandes centros de producción y de consumo están localizados en el interior del país a gran distancia de los puertos, situación que afecta negativamente la competitividad del sector productivo. El transporte de carga nacional se puede hacer principalmente por carretera, ferrocarril, río, o estrategias de integración entre estos modos de transporte. Los estudios estratégicos de transporte de carga a escala nacional, con los cuales las entidades del Estado apoyan la toma de decisiones, habían considerado únicamente los costos percibidos por los usuarios; así, el reparto modal obtenido es sin duda ineficiente en términos sociales, debido a que los agentes no perciben la totalidad de los costos inherentes a cada modo de transporte en consideración, tales como emisiones contaminantes, ruido, accidentalidad y congestión. Por tal razón, este trabajo analiza las funciones de costos utilizadas en la modelación del transporte de carga, estima en forma empírica los parámetros de las funciones aplicables al transporte de carga nacional en los modos de transporte carretero, ferroviario y fluvial, e implementa un modelo estratégico que incluye los costos externos.