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La microbiologia endodontica si concentra sulla natura infettiva e sul trattamento clinico delle patologie endodontiche. Essa chiarisce le specifiche specie microbiche coinvolte nella patogenesi delle malattie periapicali. Una migliore comprensione delle caratteristiche e delle proprietà dei batteri e dei loro biofilm, insieme ai cambiamenti ambientali associati alle malattie endodontiche, è necessaria per sviluppare una comprensione di base del processo patologico e una solida base razionale per una gestione efficace delle infezioni endodontiche e per migliorare il successo terapeutico.